Cambiar el método de aplicación del desinfectante, usar un desinfectante alternativo, eliminación de materia orgánica que produce subproductos de la desinfección en combinación con desinfectantes y eliminación de los subproductos de la desinfección después de la desinfección se puede usar para el control de subproductos de la desinfección.
En general es importante eliminar la materia orgánica del agua antes de aplicar la desinfección de la misma, por ejemplo, mediante la coagulación (remoción de partículas y turbidez). Carbón activo para la absorción de sustancias orgánicas. Membranas se pueden utilizar para la eliminación de materia orgánica del agua.
Desinfectantes alternativos, como el ozono, dióxido de cloro, permanganato potásico y cloraminas se pueden también utilizar para prevenir la formación de Subproductos de la desinfección.
De cualquier manera todos los desinfectantes producen subproductos de la desinfección. Los subproductos de la desinfección clorinados han sido los más estudiados. (Singer, 1999).
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